本部所屬各機關目前對4月2日408車次太魯閣列車於花蓮出軌之辦理情形

1. 本部蔡部長於事故發生後，立即責由臺灣高等檢察署（下稱臺高檢署）檢察長邢泰釗依據「政府一體，全力投入；關懷家屬，傾力相助」之原則處理本件事故，由邢檢察長統一指揮調度，協調相關檢察機關、法醫研究所、犯罪被害人保護協會全力動員，並由臺灣花蓮地方檢察署（下稱花蓮地檢署）開啟緊急應變機制，掌握現場訊息及注意後續情形，同時進行適當處理。本部亦於行政院「0402臺鐵408次太魯閣號事故 陸上重大交通事故中央災害應變中心」成立後，立即由檢察司長率同（主任）檢察官進駐迄今，居間聯繫花蓮地檢署與中央災害應變中心，使該中心隨時掌握現場之最新情況。
2. 現場指揮中心：花蓮地檢署檢察長俞秀端於案件發生後，立即指示主任檢察官周芳怡、曾開源及相關人員成立緊急應變處理小組處理本件重大事故相關事宜，由主任檢察官曾開源率同檢察官於第一時間至案發現場成立「現場指揮中心」，於不影響救災的前提下，迅速保全證據及蒐集犯罪事證，追查事故原因。
3. 相驗指揮所，便利家屬指認相驗：擇定花蓮市立殯儀館作為「相驗指揮所」，由檢察長俞秀端擔任總指揮官，並由臺灣高等檢察署花蓮檢察分署檢察長費玲玲督導，臺高檢署另指派臺北地檢署、宜蘭地檢署、臺東地檢署所屬之法醫、事務官協同花蓮地檢署24小時進駐花蓮殯儀館處理遺體採證、比對，並同時建立遺體編號、拍照、標示特徵、採集指紋及DNA建檔之標準流程及指派人員管控避免不相關人員進出或拍照，另於臺北地檢署、臺東地檢署成立指認中心，方便家屬就近進行相關指認事宜，以利早日發還遺體予焦慮傷心之家屬。
4. 犯保關懷家屬：協調財團法人犯罪被害人保護協會花蓮、宜蘭、臺東分會人員搭配花蓮縣政府社會處社工、心理諮商師公會等社會團體志工，以及花蓮縣警察局派員組成支援團隊，陪同家屬完成相驗及指認程序，並整合民間及宗教資源，提供遺體修復、心理諮商等服務，撫平遺屬傷痛。
5. 相驗情形：截至7日上午8點止，確認死亡人數計50人，亡者屍體均相驗完畢，其中6名尚未核發相驗屍體證明書，包括3名外籍人士、無名屍1名、大體不全1名、第六節車廂移出遺體1名，比對DNA確認中；其餘44人已核發相驗屍體證明書。
6. 查明刑責：相關行車紀錄等資料刻由專家鑑識中，搜索3處，並經被告同意扣得文件1批，並以被告有串證逃亡之虞向法院聲請羈押禁見。4月3日法院裁定交保，檢方即時抗告，花蓮高分院撤銷後，花蓮地院4月4日上午以有事實足認被告有滅證或串證之虞，裁定羈押禁見。